 Wie bei den meisten russischen Hunderassen stoßen Hundefreunde seit jeher auf Schwierigkeiten, wenn sie versuchen, Informationen über den Ursprung und die Geschichte der Hunde der ehemaligen Sowjetunion zu erhalten. Seit dem Fall der Berliner Mauer und der Entwicklung von Zwingern in Westeuropa sind die Kontakte nun einfacher, aber die Russen selbst haben keine genauen Informationen, da die Rasse hauptsächlich von kaukasischen Schäfern gezüchtet wurde und außerhalb ihres Lebensraums praktisch unbekannt war.
Man nimmt an, dass sie mindestens 2.500 Jahre alt ist, wenn nicht sogar mehr: Sie ist eine der ältesten Rassen der Welt! Sie wurde traditionell von Russen und Menschen in den Bergregionen zwischen der Türkei und dem Iran, zwischen dem Kaspischen und dem Schwarzen Meer, verwendet.
Die Aufgabe des kaukasischen Hirten war es, die Herden zu führen und vor großen Raubtieren wie Wölfen, Bären und Luchsen zu schützen. Um diese Art von Arbeit zu verrichten, musste der Hund stark, mutig und einschüchternd sein. Geografische Isolation und natürliche Auslese haben daher eine Rasse von großen Beschützern hervorgebracht. Der Hund war dann extremen Lebensbedingungen ausgesetzt, die seinen Körperbau und seinen Charakter beeinflussten, ihn stark und furchtlos machten und ihn lehrten, seine Energie zu sparen.
Sein Ursprung ist nicht genau bekannt, aber er ist ein Hund, der sich in 2000 Jahren kaum verändert hat. Sein Vorfahre könnte der georgische Hirtenhund sein, besser bekannt als "Tarti", eine Kreuzung aus Wolf und Sennenhund, oder die alten tibetischen Mastiffs.
Die Selektion der Rasse begann in der ehemaligen UdSSR in den 1920er Jahren, aber in Europa wurde sie erst 1930 auf einer Ausstellung in Nürnberg vorgestellt. Erst in den 1960er Jahren gelangten die ersten Exemplare der Rasse nach Europa. Seit 1979 treten sie in internationalen Ringen auf. Der Rassestandard wurde 1985 festgelegt. In Frankreich ist sie jedoch noch recht selten.
 In der ehemaligen DDR wurden diese Hunde zur Bewachung der Landesgrenzen, insbesondere der Berliner Mauer, eingesetzt. Als 1989 die Mauer fiel, wurden die Hunde - etwa 700 an der Zahl - erschossen. Einige wenige Glückliche, oft Welpen, wurden von Soldaten und Pflegern gestohlen, die sie zu ihren Familien in ganz Deutschland zurückbrachten.
Kaukasische Schäferhunde wurden in russischen Gefängnissen zur Bewachung von Gefangenen eingesetzt und dienten früher der Verteidigung der Roten Armee.
Heute sind die Hauptverbreitungsgebiete der kaukasischen Schäferhunde die föderierten Republiken Georgien, Armenien, Aserbaidschan, die autonomen Republiken Kabardino-Balkarien, Dagestan und Kalmückien, die Steppenregionen des Nordkaukasus und das Gebiet um Astrachan.
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